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Questo luogo si collocava ai margini dell’antico tracciato viario (123 a.C.) che metteva in collegamento le città di Pisa e di Fiesole.
Lo scavo che ha preceduto il recupero edilizio ed il restauro del complesso ha infatti incontrato tracce cospicue di una necropoli di epoca romana, formata da tombe terragne del tipo “alla cappuccina”, il cui impianto risale almeno al I secolo a. C.

 

Nella seconda metà dell’VIII secolo d.C. sopra questa antica area cimiteriale fu impiantata una prima chiesa cristiana: un piccolo edificio absidato ad aula semplice, lungo 8 m e largo 5 m che portava la titolazione a S. Quirico.

La fase altomedievale è testimoniata dall’absidiola con altare, dai frammenti architettonici dell’iconostasi in pietra rinvenuti nello scavo, nonché dai resti del basamento murario della facciata.

 

Tra XII e XIII secolo la chiesa subì importanti rifacimenti, il più evidente dei quali è testimoniato dalla costruzione di una nuova abside, di maggiori dimensioni rispetto alla precedente.

La parte settentrionale di questo antico edificio ecclesiastico era sottoposta all'instabilità del terreno, a causa della vicina confluenza nell’Arno del torrente Pesa, poi modificata dai Medici nel corso degli ampliamenti alla vicina Villa dell'Ambrogiana.

 

Attorno alla chiesa altomedievale venne accrescendosi l’area cimiteriale che, come si è detto, si sovrapponeva ad una precedente necropoli romana. Al XII-XIII secolo risale probabilmente un edificio con muri di terra pressata, addossato al lato meridionale dell’abside. Si tratta evidentemente dell’abitazione presbiteriale.

 

Nel 1674 il granduca Cosimo III fece edificare, a poca distanza da qui, un nuovo convento destinato ad ospitare i frati spagnoli di S. Pietro d’Alcantara, di cui era particolarmente devoto. Nei progetti granducali era previsto anche l'ampliamento di questa chiesa parrocchiale: il vecchio edificio si sarebbe infatti trasformato nel braccio occidentale del transetto di una nuova chiesa, il cui corpo di fabbrica, assai più grande del precedente, si orientava adesso in senso nord-sud.

Come frequentemente accade, però, gli oneri richiesti dall’opera ed il protrarsi dei lavori, ostacolarono la completa definizione del progetto, tanto che le opere del nuovo Ss. Quirico e Lucia si conclusero con un compromesso. Il braccio orientale del transetto non fu realizzato, e ci si limitò, per assicurare la funzionalità di quanto realizzato, ad ampliare la sagrestia della chiesa precedente, posta adesso a servizio di due distinti edifici ecclesiastici.

La nuova parrocchiale assunse così l’aspetto che ancor oggi conserva: una chiesa principale  ed una secondaria, munita di un proprio accesso, che assolveva al compito di edificio sepolcrale per la Compagnia Religiosa del Carmelo, che qui aveva sede ed era ospitata nel corpo di fabbrica affiancato alla chiesa maggiore.

 

Tra il Cinquecento ed il XVIII secolo si ampliò anche l’antica abitazione presbiteriale  sino ad inglobare parte del cimitero medievale. Fu poi costruita un’abitazione destinata ai mezzadri che lavoravano le terre circostanti, il podere della parrocchia.

 

Con le Riforme Leopoldine, che imponevano un drastico ridimensionamento nel numero degli edifici ecclesiastici, l’antica parrocchiale fu soppressa e, dopo la partenza per la Spagna dei frati alcantarini (1784), il suo titolo trasferito al vicino convento, che si trasformava adesso nella parrocchia secolare dei Ss. Quirico, Lucia e Pietro d’Alcantara.

 

Il complesso, ridotto ormai allo stato di rudere (2000) è stato acquisito dal Comune di Montelupo Fiorentino che, dopo una lunga e complessa opera di restauro, lo ha destinato ad accogliere il Museo Archeologico (2007).