Il museo Archeologico è stato inaugurato nel 2007 nell’ex complesso di San Quirico e Santa Lucia. I lavori di scavo che hanno preceduto le attività di ristrutturazione hanno fornito interessanti informazioni sulla complessa stratificazione storica dell’edificio. Sono, infatti, emersi i resti di una necropoli romana, probabilmente di impianto tardo-repubblicano che si sommano ad altri ritrovamenti effettuati nell’area. L’area pubblica a destinazione cimiteriale costituisce l’antefatto storico della costruzione religiosa di epoca alto medioevale questi ritrovamenti rafforzano anche l’ipotesi che la strada militare romana Pisa – Firenze incontrasse il corso dell’Arno proprio a Montelupo e alcuni documenti attestano la presenza di un ponte scomparso nel corso del XIII secolo.
Il centro espositivo è uno dei più importanti del suo genere a livello regionale per la quantità di reperti e per la diversificazione nel tipo di ricerca. Sommando il materiale esposto con i pezzi in deposito si arriva a circa 3000 reperti, di diversa origine. Il museo è il conseguente sviluppo dell’ampia sezione dedicata alla storia del territorio del precedente Museo Archeologico e della Ceramica (1985-2006). La sua realizzazione ha consentito di attribuire una fisionomia museale più definita a materiali di grande importanza, frutto di oltre trent’anni di ricerche effettuate nel cuore della Toscana Settentrionale, tra il Medio Valdarno Fiorentino, la Bassa Val di Pesa – una delle porte del Chianti e della Toscana interna – ed il Montalbano, massiccio collinare innervato dagli antichi percorsi che salgono verso l’Appennino. Il centro espositivo, per la sua storia, ha una fisionomia peculiare che lo distingue da gran parte dei musei civici della Toscana e di altre regioni italiane, in ordine alla spiccata estensione geografica ed all’importante cronologia di riferimento.
In esso, infatti, si mostrano resti provenienti da oltre 160 stazioni preistoriche, i reperti protostorici degli insediamenti capannicoli del Valdarno, le prime tracce del popolamento e dei centri etruschi d’altura, la colonizzazione romana e le conseguenti, radicali trasformazioni impresse al territorio, la lunga transizione al Medioevo e la nascita dei nuovi insediamenti – le “terre murate” ed i castelli – che supportarono il miracolo della Firenze rinascimentale.

Oltre alla straordinaria ricchezza della documentazione preistorica, con migliaia di reperti litici che iniziano con la prima frequentazione (oltre 250.000 anni dal presente) di tipi umani diversi dall’attuale (homo erectus, neandhertal), si segnala la documentazione protostorica del grande insediamento capannicolo di Bibbiani (Bronzo finale), con ceramiche, metalli, manufatti in osso e pasta vitrea che fanno riferimento a quella civiltà “Protovillanoviana” che costituisce l’antefatto del popolamento etrusco.
L’area archeologica di Bibbiani è tuttora oggetto di scavo archeologico: le ricerche si svolgono in questo momento all’interno di una grande capanna (metri 14×6) rinvenuta nell’anno 2005, ed i visitatori del museo possono partecipare a visite guidate sul sito condotte dagli archeologi impegnati nell’indagine stratigrafica del sito.
Di grande interesse è anche la documentazione dell’abitato di Montereggi, un insediamento etrusco (secoli VI-I a. C.) posto in posizione privilegiata su un terrazzo fluviale dell’Arno. Da Montereggi provengono bronzi e ceramiche di particolare importanza, tra le quali si deve segnalare una kilyx attica attribuita al pittore di Codros, attivo in Atene tra il 440 ed il 430 a.C. e la lastra ad altorilievo con una testa femminile che sorge da un cespo díalcanto, databile al secondo quarto del III secolo a.C. che molto probabilmente faceva parte di un fregio frontale di un tempio.

Anche nel caso di Montereggi, la visita al museo può essere accompagnata da un’escursione guidata al sitoo, in un luogo di grande fascino, ove si possono apprezzare le strutture monumentali appartenenti ad una nutrita serie di abitazioni etrusche, già riportate alla luce nel corso delle ultime campagne di scavo.
Importanti e numerosi sono anche i materiali di epoca romana provenienti soprattutto dalle due grandi villae rustiche di Montelupo (podere Vergigno) e dell’Oratorio di Limite sull’Arno.
La prima, un insediamento esteso su circa un ettaro di superficie, ma con una pertinenza ben più vasta, mostra un porticato di oltre 56 metri di lunghezza, piscine termali, ed è attrezzata a parco archeologico pubblico (maggio 2006): in una parte del parco (l’Aula Laboratorio di Archeologia) gli archeologi che collaborano con il Museo di Montelupo effettuano dimostrazioni ed attività sperimentali di ogni genere (fabbricazione della ceramica, fusione dei metalli, filatura e tessitura etc.).
Notevole è anche la documentazione medievale del museo, con suggestivi reperti altomedievali (olifante di Montereggi), ed il bacile di bronzo dorato con medaglione di Carlo Magno, trovato lungo il corso dell’Arno. Si tratta di uno dei cosiddetti “bacili Hansa”, rinvenuti soprattutto nella Germania settentrionale, ma fabbricati con ogni probabilità nell’isola baltica di Gotland, che fu un importante centro metallurgico medievale. Il bacile di Montelupo appartiene ad una serie assai ristretta (solo tre esemplari sinora noti, uno rinvenuto ad Halle, l’altro a Riga), che mostrano al centro un medaglione con l’effigie di un imperatore; mentre gli altri due si riferiscono ad Ottone I, l’esemplare di Montelupo – unico al mondo – mostra invece Carlo Magno.